W Albanii oprócz Morza Adriatyckiego i Morza Jońskiego znajdują się trzy duże, położone przy granicach jeziora, tj. z Czarnogórą leży Jezioro Szkoderskie, z Macedonią – Ochrydzkie, Prespa.
Największym jeziorem na Półwyspie Bałkańskim jest Jezioro Szkoderskie (360km 2 ) . położonym na granicy Albanii z Czarnogórą, w okolicy miasta Szkodra jest Jezioro Szkoderskie 360km 2 Zaledwie jedna trzecia akwenu leży na terytorium Albanii. Znaczną część jeziora po stronie Czarnogóry obejmuje Park Narodowy Jezioro Szkoderskie. Na jeziorze żyje ponad 270 gatunków ptaków. Tafle wody pokrywa gęsta roślinność, stąd jest to idealne miejsce na gniazdowanie wielu gatunków ptactwa. Jest jednym z niewielu miejsc w Europie, gdzie można spotkać pelikany. W rejonie jeziora znajduje się 20 klasztorów, kościoły, kilka wiosek. Ciepła woda w jeziorze, plaże zachęcają do odpoczynku w jednej z wiosek położonych nad jeziorem. Największą atrakcją jest trwający ponad trzy godziny rejs łodzią. Najlepiej rozpocząć od strony Czarnogóry, od miejscowości Virpazar- największa ilość ofert. . Rejsy dostępne są także z miejscowości Vranjina i Plavnica. Cena za rejs (łódkę około 75 euro). Podczas rejsu możemy podziwiać piękno, na razie nieruszonej przez turystykę przyrody.
Najstarszym i zarazem najgłębszym na Bałkanach jest Jezioro Ochrydzkie. Jezioro tektoniczne, czyli powstałe w wyniku pracy płyt tektonicznych. Rozdzielone granicą z Macedonią. Trzy czwarte linii brzegowej znajduje się po stronie Macedonii. Największym miastem nad jeziorem Ochrydzkim jest Ochryda (Macedonia). W 1980 roku macedońska część wraz z otaczającym je regionem wpisano na Listę Światowego Dziedzictwa Kulturalnego i Przyrodniczego UNESCO. Zbiornik słodkowodny. Z ryb w jeziorze występuje m.in. endemiczny łosoś- ryba pod ochroną. Atrakcję turystyką jest rejs statkiem, przepływając przez Zatokę Kości. Zatoka Kości, wioski zbudowanej na drewnianych palach wbitych w dno jeziora 1200 lat przed naszą erą. Nazwa wzięła się od kości zwierząt wykopanych w tym miejscu, które są pozostałościami po odpadkach wyrzucanych przez ówczesnych mieszkańców. Dla turystów dostępne jest muzeum, zrekonstruowana osada oraz rzymskie fortyfikacje, które odtworzono na wzgórzu nad osadą.
Na granicy z Macedonią i Grecją znajduje się Jezioro Prespa. To jedno z najczystszych jezior w Europie. Prespa uznawana jest za jeden z najważniejszych rezerwatów Bałkanów. Można tam spotkać najrzadsze oraz endemiczne gatunki ptaków, jak pelikan kędzierzawy czy czapla biała. W okolicy jeziora można znaleźć jaskinie. Wiele z nich jest wymalowane freski z postaciami świętych, sięgające często XIII wieku, kościoły bizantyjskie a na wysepce Maligrad- cerkiew Św. Marii.
Wysoko w górach, na wysokości 1600 n.p.m., otoczone górami o szarożółtej barwie porośnięte ciekawymi gatunkami sosen leży polodowcowe jezioro Lure. Droga do jeziora jest kręta i dość trudna do pokonania.
Odwiedzając Albanię warto odwiedzić Jezioro Koman. Akwen leży na północy Albanii i stanowi, jak gdyby bramę do Gór Północno albańskich (inna nazwa Góry Przeklęte) i jest jednym z trzech sztucznych zbiorników na rzece Drin. Jezioro częściowo uregulowane przez zbudowana w latach 70 tych elektrownię wodną. System zapór pochodzący z lat sześćdziesiątych miał zaspokoić zapotrzebowanie na energię elektryczną Albanii. Trasa dojazdowa do przystani promowej w miejscowości Koman, to kiepskiej jakości asfalt, ale można przejechać samochodem osobowym. Przyjeżdżając nad jezioro warto odbyć rejs statkiem promowym na wschodni kraniec wąskiego zbiornika do miejscowości Bregluma. Rejs trwa około dwóch godzin. Rejon jeziora to siedlisko wielu gatunków roślin, ptaków i zwierząt, między innymi szakali, czerwonych lisów, borsuków, wydr, kun, tchórzy czy czapli i orłów. Kojąca zmysły, soczysta zieleń. Zapierające dech w piersiach widoki skał i wodospadów (opadające miejscami pionowo w dół). Uderza kolor wody, który zmienia się w zależności od światła i kąta widzenia. Między turkusem a brunatną zielenią, a czasem nawet i przejrzystym błękitem. Duże wrażenie robią zielone wysokie drzewa, wchodzące wprost do wody z niemal pionowych ścian. Dostęp do jeziora jest dość utrudniony, gdyż prawie całą dolinę zalewa woda, a otaczają ją pionowe skały. Miejsce odludne jako odludne, niezatłoczone i dzikie o słabo rozwiniętej infrastrukturze hotelowej i gastronomicznej, co może być uznane za plus dla turystów chcących odpocząć w ciszy i spokoju na łonie natury.
