Czesi od długiego czasu są związani z Bałkanami. Nie tylko z tego powodu, że Chorwacja to ich ulubiony kierunek wakacyjny. Narodowy ośrodek informacji turystycznej Republiki Chorwacji podał, że tylko do połowy sierpnia 2021 roku przyjechała aż 561 000 turystów z Czech (ponad 5 % całej populacji). Święci Cyryl i Metody zwani apostołami Słowian zostali uhonorowani świętem narodowym (dniem wolnym od pracy) zarówno w Czechach jak i Macedonii Północnej. Działali oni w IX wieku na terenie Wielkiej Morawy, która obejmowała teryny dzisiejszej Republiki Czeskiej. Uzyskali zgodę papieża Hadriana II na używanie języka staro-cerkiewno-słowiańskiego w liturgii kościelnej oraz opracowali pierwsze pismo słowiańskie – głagolicę. Ich uczniowie udoskonali głagolicę tworząc cyrylicę – alfabet, który do dnia dzisiejszego jest używany np. w Serbii, Bułgarii, Macedonii, Rosji czy Ukrainie. Według tradycji cyrylicę mogli opracować święci Klemens i Naum w Ochrydzie, położonej nad przepięknym jeziorem Ochrydzkim.
Pomniki świętych braci z Sołunia (dzisiejsze Saloniki w Grecji) można podziwiać choćby na słynnym Moście Karola w Pradze czy macedońskiej Ochrydzie i Skopje. Bardziej współczesny wątek związany z Świętym Cyrylem i Metodym a dokładniej cerkwią im poświęconą, zlokalizowaną w Pradze pojawił się w czasie II wojny światowej. W grudniu 1941 grupa czechosłowackich żołnierzy przeszkolona w Wielkiej Brytanii została zrzucona na spadochronach do okupowanego kraju. 27 maja 1942 roku dwóch z nich: Jan Kubiš i Jozef Gabčík dokonało udanego zamachu na jednego z największych nazistowskich zbrodniarzy SS-obergruppenführera Reinharda Heydricha. Reinhard Heydrich przez 5 lat był szefem Gestapo, następnie kierował Głównym Urzędem Bezpieczeństwa Rzeszy – RSHA - (1939–1942) oraz był zastępcą Protektora Czech i Moraw (1941–1942). Jeden z architektów Holokaustu, przewodniczył konferencji w Wannsee (1942), gdzie dyskutowano szczegóły „ostatecznego rozwiązania kwestii żydowskiej”. 18 czerwca 1942 na skutek zdrady spadochroniarze, w tym Kubiš i Gabčík zostali wytropieni przez Niemców. Ukrywali się w podziemnych pomieszczeniach Soboru Świętych Cyryla i Metodego w Pradze. Stoczyli tam kilkugodzinną walkę z Niemcami a następnie popełnili samobójstwo. W cerkwi nadal można zobaczyć ślady po kulach. Powstało kilka filmów o zamachu na Heydrich m.in. czechosłowackie „Muži bez křídel: („Ludzie bez skrzydeł” - nagrodzony Złotą Palmą na Międzynarodowym Festiwalu Filmowym w Cannes w 1946 roku), Atentát („Zamach” z 1964) czy międzynarodowe produkcje: „Operation Daybreak” (1975), „Operacja Anthropoid” (2016).
Wiele perełek architektonicznych Sarajewa z przełomu XIX i XX wieku zostało zaprojektowanych przez czeskich architektów. Już w 1912 roku Josef Pospíšil postulował aby sarajewska czarszija (turecka dzielnica handlowa) uzyskała status chronionej strefy zabytkowej, co się stało dopiero pół wieku później. Pewnie każdy słyszał o zamachu w Sarajewie, kiedy to 28.06.1914 roku został zamordowany arcyksiążę Franciszek Ferdynand. Jednak mało kto wie, że nieszczęsnym kierowcą kabrioletu w którym następca austro-węgierskiego tronu został postrzelony był Czech Leopold Lojka. Natomiast zabójca arcyksięcia Gavrilo Proncip odbywał karę w twierdzy w czeskim mieście Terezin (zmarł tam na gruźlicę w 1918 roku).W czasie I wojny światowej Czesi (zwłaszcza inżynierzy) służyli na austro-węgierskich u-bootach (okrętach podwodnych), które operowały z portów Zatoki Kotorskiej (dzisiejsza Czarnogóra) czy Puli (obecnie Chorwacja).
W czasie konferencji pokojowej w Paryżu po zakończeniu pierwszej wojny światowej pojawiła się propozycja aby stworzyć lądowe połączenie pomiędzy nowo powstałą Czechosłowacją a Królestwem Serbów, Chorwatów, Słoweńców (od 1929 roku Jugosławią). Korytarz miałby się składać z terenów odebranych Austrii i Węgrom (mniej więcej gdzie przebiega obecna granica pomiędzy tymi państwami). Mimo, że propozycja nie została ostatecznie przyjęta to oba państwa współpracowały między sobą w okresie międzywojennym. Na przykład dzięki czeskiemu kapitałowi postał pierwszy na terenie Macedonii browar, który do dnia dzisiejszego produkuje piwo Skopsko.
